對于被列入“非正常戶”的公司，稅務局首先會暫停其稅務登記證、發票領購簿和發票的使用；“非正常戶”認定期限超過3個月者，其稅務登記證失效。而對沒有欠稅且沒有未收繳發票的“非正常戶”超過2年的公司，稅務機關有權注銷其稅務登記證。

除此之外，稅務局還會暫停對出口企業或其他非正常戶辦理出口退稅；若納稅人申請解除非正常戶，稅務機關可以按規定對其處以罰款。